El primer destino de este escocés en la Flota Estelar le llegó en el 2.242 en una nave correo, cuando todavía era un alférez de ingenieros de la Academia de la Flota.
    Fue de destino en destino y sirvió en hasta 11 naves -y en el planeta Deneva como supervisor de diseños de la puesta en marcha del transporte de asteriodes desde el planeta- a lo largo de su carrera, pero su destino  a bordo del Enterprises es por el que sería recordado en los libros de historia.

    En el año 2.264 y con el rango de capitán de corbeta sería destinado al U.S.S Enterprises, bajo el mando del capitán Kirk, como jefe de ingenieros.
    Su destreza salvaría a la nave de multitud de desastres y se ganaría el respeto de Kirk, quien cariñosamente le llamaría Scotty en momentos de crisis para la nave, en los que sólo la maestría de Scott podían salvar la situación.

   Por los méritos obtenidos en su primera misión de cinco años a bordo del Enterprises Scott fue ascendido el el año 2.269 al cargo de comandante y se le asignó la supervisión de la remodelación de la nave a la que llegó a considerar como una hija.
    En el 2.271, pasada la crisis de V'Ger, inició su segunda misión de cinco años a bordo de la nave.

    Scott continuó en su puesto de jefe de ingenieros, adiestrando a los jóvenes cadetes de ingeniería, cuando la Enterprises fue reconvertida en nave de entrenamiento para nuevos cadetes.
    Recomendó a Peter Preston, hijo de unos amigos suyos de su Escocia natal, para un puesto en la sala de máquinas. Durante muchos años se maldijo por ello, pues Peter falleció durante la batalla que mantuvo la Enterprises contra Khan y sus seguidores a finales del 2.282.
    La Enterprises quedó seriamente dañada durante la batalla contra Khan, pero gracias a su pericia como "arreglalotodo" la nave consiguió llevar a los supervivientes de la batalla de regreso al hogar. Aún así la nave sería retirada del servicio, dado su elevada edad y el estado en que quedó tras la batalla en Mutara Nebula.

     Sería designado a la U.S.S Excelsior en el 2.285 para supervisar las pruebas de los novedosos motores de impulso transwarp, después de haber sido ascendido a capitán, bajo el mando del capitán Styles.
    Su estancia en ese destino fue breve, puesto que había dañado los impulsores de la misma para permitir el robo de la Enterprises por parte de sus camaradas.
    Scott también iría en esa nave junto con sus compañeros rumbo al planeta Genesis. Tenían la intención de salvar la vida de Spock, enterrado en ese planeta después de haberles salvado la vida a él, a la Enterprises y a sus compañeros.

    Después de haber rescatado a Spock de un grupo de Klingons Scott y sus compañeros viajaron en un ave de presa Klingon a Vulcano. En el rescate de Spock perdió al ser a quien más había querido durante años: La U.S.S Enterprises.
    En Vulcano estuvo cerca de una año inspeccionando la nave capturada a los Klingons y modificándola para hacerla más cómoda en su viaje de regreso a la Tierra.

    Regresó junto con sus compañeros a la Tierra en el 2.286 para ser juzgado por haber saboteado la Excelsior y haber colaborado en el hurto de la Enterprises.
    Cuando el ave de presa llegó a las proximidades de la Tierra, se encontró con una sonda alienígena que amenazaba por destruir el planeta.
    Según Spock y Kirk la única manera de evitar la crisis era viajar al pasado para traer a una pareja de ballenas al siglo XXIII que se comunicaran con la sonda.
    En el siglo XX adoptó la falsa identidad de un eminente científico Escocés, con la que consiguió los materiales necesarios para construir un tanque de agua para las ballenas en la bodega del Ave de presa. (Puede que cambiara la historia al mostrar a un habitante del siglo XX la fórmula del aluminio transparente).
    Un año después de su regreso a la Tierra del siglo XIII fue juzgado por los delitos que cometió (sabotaje de la Excelsior y robo de la Enterprises). Resultó ser exonerado de todos los delitos debido a que colaboró a salvar al planeta Tierra de la sonda alienígena.

    A finales del año 2.286 sería destinado a una misión de cinco años  a bordo del Enterprises-A.
    Concluida la misión se compró una nave particular en previsión de su inminente retiro, pero en el año 2.293, cuando sólo le faltaban tres meses antes de jubilarse Kirk le convenció para participar en la misión de escolta del canciller Gorkon al tratado de paz de Khitomer.
    Con el asesinato de Gorkon por parte de un grupo de conspiradores, Scott se vio involucrado junto con sus compañeros en el desenmascaramiento y desarticulación del grupo de conspiradores -llegando a salvar la vida del presidente de la Federación de uno de ellos-

    Firmado el tratado de paz, Scott se jubiló.
    Debido a su celebridad fue invitado al bautizo del Enterprises-B, en donde presenció la aparente muerte de Kirk.

    En el 2.294 fue dado por desaparecido junto con su nave correo, la U.S.S. Jenolen, cuando iba en rumbo a la colonia Norpin, su futuro hogar. Su nave había chocado contra una Esfera Dyson.
    Se mantuvo con vida gracias a que durante el accidente quedó atrapado en un bucle sin fin en el transportador de materia.
    Décadas más tarde, concretamente en el año 2.639, sería rescatado por un equipo de rescate de la U.S.S Enterprises-D.
    En el transcurso del rescate estuvo desorientado, pensando que Kirk iba a rescatarle.
    Pudo recuperarse y se hizo amigo de su sucesor en la nave, el jefe de ingenieros Geordei LaForge, con quien mercadeó el material que llevaba en la nave y a quien ayudó a salvar a la Enterprises-D de un desastre.
    En pago por la ayuda que Scott prestó a la Enterprises-D el capitán Picard le prestó de forma permanente la nave Goddard. Nave con la que Scott comenzó a vagar por las profundidades del espacio.